Auf der künstlichen Insel Passio, dem Schauplatz dieses Abenteuers, wird jeder Pokémon-Trainer von einem Pokémon begleitet. Zusammen nehmen sie an Teamkämpfen teil, bei denen drei gegen drei kämpfen. Auf Passio wird ein solches Duo aus Trainer und Pokémon „Gefährten“ genannt.

Bei den World Pokémon Masters (WPM), einem Turnier mit 3-gegen-3-Teamkämpfen, das auf Passio abgehalten wird, schließen sich Arenaleiter, Mitglieder der Top Vier, Champs und andere Berühmtheiten aus allen Regionen zu Teams zusammen, mit dem Ziel aufregende Kämpfe zu bestreiten.
Um an den WPM teilnehmen zu können, müssen Spieler gegen WPM-Leiter auf ganz Passio antreten, um fünf Orden zu erhalten. Die Hauptfigur, die sich mit Pikachu zu einem Gefährtengespann zusammenschließt, wird viele Abenteuer erleben, während sie versucht, sich für die WPM zu qualifizieren.