L'élément qui rend Pokémon Masters EX unique est son format de combat en équipe à trois contre trois et en temps réel.
Utilisez votre Jauge Capacité qui se remplit avec le temps pour lancer de puissantes capacités telles que Tonnerre ou Lance-Flammes. La Jauge Capacité est commune à toute votre équipe, et il est par conséquent essentiel de bien réfléchir avant de décider lequel de vos Duos utilisera une capacité.