Partez à l'aventure sur l'île artificielle de Passio où chaque Dresseur, accompagné d'un Pokémon, participe à des combats en équipe à trois contre trois. À Passio, cette association d'un Dresseur et de son Pokémon est appelée un Duo.

Au World Pokémon Masters (WPM), un tournoi organisé à Passio, des Champions d'Arène, membres de Conseil 4, Maîtres et autres grands noms du monde des Pokémon s'allient pour prendre part à d'intenses combats en équipe à trois contre trois.
Pour participer au WPM, les joueurs doivent combattre des Champions WPM à travers l'île afin d'obtenir cinq Badges. Le personnage principal, qui forme un Duo avec Pikachu, va vivre bien des aventures en tentant de se qualifier pour le WPM.