본작의 모험의 무대가 되는 인공섬 파시오에서는 포켓몬 트레이너들이 1마리의 포켓몬을 데리고 모여서, 3대3 팀배틀을 펼칩니다. 파시오에서는 포켓몬과 트레이너의 콤비를 「버디즈」라고 부릅니다.

파시오에서 개최되는 3대3 팀배틀 대회 「월드 포켓몬 마스터즈(WPM)」에서는 각 지방의 체육관 관장이나 사천왕, 챔피언들, 즉 올스타가 각각의 팀을 결성하여 격렬한 배틀을 벌이고 있습니다.
WPM에 출전하려면 파시오 각지에 있는 WPM리더와 싸우고, 5개의 배지를 손에 넣어야만 합니다. 피카츄와 버디즈를 이룬 주인공은, WPM에 출전하기 위해 모험의 세계로 떠나려 합니다.