La característica principal de Pokémon Masters EX son sus combates en equipos de tres contra tres en tiempo real.
La barra de movimientos se irá llenando a medida que pasa el tiempo, y podrás usarla para ejecutar poderosos movimientos, como Rayo o Lanzallamas. Tendrás una sola barra de movimientos para todo tu equipo, así que piensa cuidadosamente con qué compis atacar.