今作の冒険の舞台である人工島パシオでは、ポケモントレーナーたちが1匹のポケモンを引き連れて集い、3対3のチームバトルを行っている。パシオでは、ポケモンとそのトレーナーのコンビは「バディーズ」と呼ばれている。
パシオで開催される3対3のチームバトルの大会「ワールドポケモンマスターズ(WPM)」では、各地方のジムリーダーや四天王、チャンピオンたちオールスターが、それぞれチームを結成し、激しいバトルを繰り広げている。
WPMに出場するには、パシオの各地にいるWPMリーダーと戦い、5つのバッジを手に入れる必要がある。ピカチュウとバディーズを組む主人公は、WPMへの出場を目指すため、冒険の世界に旅立つことに。