在本作冒險的舞台——人工島帕希歐，寶可夢訓練家們各自帶領１隻寶可夢，聚集起來進行３對３的隊伍戰。
在帕希歐，訓練家與寶可夢的組合被稱為「拍檔組合」，簡稱「拍組」。

在帕希歐舉行的３對３隊伍戰大賽——「世界寶可夢大師賽（ＷＰＭ）」，是由各個地區的道館館主、四天王、冠軍等明星訓練家，各自組隊，展開激烈的戰鬥。
要參加WPM，就必須與分散在帕希歐各地的WPM關主對戰，收集到５個徽章。與皮卡丘組成「拍組」的主角，為了達成參加WPM的目標，因而踏上冒險的旅程。