La particolarità di Pokémon Masters EX è il sistema di lotte a squadre in tempo reale, tre contro tre.
Usa la barra mosse, che si riempie col tempo, per sferrare mosse potenti come Fulmine o Lanciafiamme. La barra mosse è condivisa dall'intera squadra, quindi è fondamentale decidere con attenzione a quale delle tue Unità far sferrare una mossa.