Questa avventura è ambientata sull’isola artificiale di Pasio, dove ogni Allenatore è accompagnato da un singolo Pokémon con cui partecipa a lotte a squadre tre contro tre. Una coppia formata da un Allenatore e dal suo Pokémon viene chiamata "Unità".

Nel World Pokémon Masters (WPM), una gara caratterizzata da lotte a squadre tre contro tre, Superquattro, Campioni e altri fuoriclasse giunti a Pasio da tutte le regioni fanno squadra e si affrontano in sfide emozionanti.
Per poter partecipare al WPM, i giocatori devono sfidare i Capi del WPM in giro per tutta Pasio e ottenere cinque medaglie. Seguendo il suo obiettivo di qualificarsi per il WPM, il personaggio principale vivrà tante avventure insieme a Pikachu, con cui forma un'Unità.